Программные продукты и системы

Регуляция транскрипции (считывания РНК) является одним из наиболее широко исследуемых биоинформатикой биомолекулярных процессов. При считывании РНК важную роль играют специфические белки, называемые транскрипционными факторами (ТФ). Они образуют комплексы на участках ДНК, называемых промоторами (участками ДНК, расположенными до старта транскрипции). Если в клетке присутствует необходимый для данного промотора набор ТФ, то с некоторой вероятностью он образует белковый комплекс на этом промоторе, что позволяет РНК-полимеразе закрепиться на старте транскрипции этого гена и начать считывание РНК. Таким образом, за счет различного состава ТФ происходит дифференциация клеток: в разных клетках присутствуют всевозможные наборы ТФ, которые запускают транскрипцию различных генов, производящих различные белковые продукты. Эти белки, в свою очередь, тоже могут быть ТФ, запускающими, к примеру, следующую стадию развития клетки.

Небольшие фрагменты ДНК длиной в среднем 10–20 нуклеотидов, к которым прикрепляются ТФ, называются сайтами связывания с ТФ, или просто сайтами. Сайты одного и того же ТФ имеют схожие последовательности. Это объясняется тем, что ТФ обладают специфической формой, позволяющей им закрепляться на последовательностях определенного типа. Но, несмотря на кажущуюся простоту, определить, является ли заданная последовательность сайтом, сложно. Это обусловлено тем, что на связывание, кроме характера последовательности, влияют и иные факторы, в частности, другие сайты в окрестности  и т.д.

Подробное описание дается в статье «Программа для построения геномных профилей весовых матриц», автор Черемушкин Е.С. (Институт систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН, г. Новосибирск).