Программные продукты и системы

При отсутствии точной информации о представленных белках или при наличии существенных различий (например, эволюционных) между реальными белками в образце и теми, которые включены в состав референсного протеома для поиска, применяются средства de novo секвенирования пептидов. Программы реконструкции аминокислотной последовательности пептидов без использования предварительной информации о структуре белков исследуемого объекта используют широкий спектр алгоритмов – от базовых методов оптимизации и динамического программирования до систем глубокого обучения сложных архитектур. Так, программы lutefisk, MSNovo, PEAKS используют алгоритмы оптимизации на основе динамического программирования для получения аминокислотной последовательности, наилучшим образом соответствующей экспериментальному спектру ионов фрагментов.
Подробное описание дается в статье «Методика сравнения эффективности программных средств реконструкции аминокислотных последовательностей на основе эталонных пептид-спектральных соответствий», авторы Аржаев В.И., Скворцов А.Б., Цыганков Р.Я., Белякова С.Н. (НИИ «Центрпрограммсистем», г. Тверь).